��ࡱ�>�� LN����K��������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������'` �R�0Abjbj����2D����H���������������� � � � <� �$� � � � � � � � CEEEEEE$6h�Xiu��� � ��i��� � �   �4�� �� C �C  �� � � ���b�&�� � /�0$ ��� �� $� :6 �  �� �� � � ii � � � $��������� ����� ������������� D��N����eXd��fP[3 DNA �^R�vY`'`R�g �����[1,2 �9\NSN1 ��sf_1 ���fP[3 :S�WhQ�273bp, T+A +Tϑ:N43.1% �G+C +Tϑ:N56.8% �G+C+Tϑؚ�NT+A +Tϑ�qQ�hKm0R49 *N�S_MO�p ��~`SR�gMO�p�v17.95% �vQ-NUSNY`MO�p16 *N ��~`S5.86% ��{�~�Oo`MO�p33 *N ��~`S12.09%�l�bc!kpeؚ�N��bc!kpe �vQ-Nl�bc�S_{|�W-N�NA/G l�bc:N;N ���bc�NA/T��bc:N;N�47 *N*NSO-NqQ�S�s45 �yUS P�W �s^GWUS P�WY7h�^��ؚ ���0R0.998�0.005 �s^GW8h��x��]_pe:N10.924 �8h��x�Y7h�^:N4.002%�4 *N!��T�y���vW� Oݍ�y(W0.03404^�0.05435 KN�� �vQ-NAA ��!��T�{�!�KN���vW� Oݍ�yg\�0.03404 ��{�!��TA03 !�KN���vg'Y�0.05435 ��Y>fP[3 x91 *N(l�Wx��k�W �d� Nx�~(lx�H�His �Y �vQYO19 �y8^��(l�Wx��v+Tϑ�]_��'YvQ-N�N�|(lx�R�Arg ��v+Tϑg0N�[ ���0R14.55% � g25 *N(l�Wx��S_MO�p0 ����N�~�� ,g�[���~�g�f4*N�T�y(WMHC-B-F�W�VY>fP[3 N�v8h��x�US P�W{|�W�_0N�[ �;`�vW� O�S_ASR0N�[ �v^N(W47*N*NSO-N�_\ gqQ�N�vUS P�W �US P�WY7h�^��'Y �T�T�y���vW� Oݍ�y��\ �N�S_��V_N N'Y �h�fT�T�y��SO ��Q�l g�Q�s�g>fW��vW� ORS0W�^�eI{�2005 ���!k(W�V�QKm�[�NMHC-B-F�W�VY>fP[2�T3�v8h��x��^R(u�NY`MO�p�vR�g0,gxvz(WvQ�W@x N�R'Y�N�T�y�Q7h�T+Tϑ�vKm�[ ��Ng�[MHC-B-F�W�VY>fP[2�T3�vW� O�~�g�TY`'`�� gۏNek�vR�g �:N~b0RN�b�u�R�vsQ�vSNP`Y�[N�[�v�W@x0�SY�Ǐ8h��x��^R�T(l�Wx��^R�v�k�[�S�s�^R�vY`'`�fY0W(W(l�Wx�4ls^ Nh��s �ُNW�^�eI{�2005 �0LiuI{(2002)�N�SLima-RosaI{(2004)�vxvz�~�g�v&{T0S_6q@b g�vُ�Nxvz�~�g��؏/fRek�v �؏ g�_�f�meQ�vxvz�T�c�� ��N�OۏNek�vdnZiMHCN�u�u�b'`�vsQ�| �v^OKNЏ(u�N�[E��v���y�]\OKN-N0 sQ.�W[�!��MHC-B-F �W�V�Y>fP[3�W� O�S_ �"� Systems Analysis of Epigenetic and Genetic Effects on Immune Response Genes in Susceptibility to Marek s Disease of Chickens Ying Yu 1 2, Apratim Mitra1, Shuang Chang3, Fei Tian1, Xiaoli Xie1, Yuan Zhang2, Huanmin Zhang3, Jiuzhou Song1 �1. Department of Animal & Avian Sciences, University of Maryland, College Park, MD 20742, USA; 2. Lab of Animal Breeding and Genetics, College of Animal Sciences and Technology, China Agricultural University, Beijing 100193, P.R.China.;3.USDA-ARS, Avian Disease and Oncology Laboratory, East Lansing, MI 48823, USA. � INTRODUCTION Chicken Marek s disease (MD) is a virus-induced T cell lymphoma and caused by oncogenic herpesvirus, Marek�s disease virus (MDV). Highly inbred White Leghorn lines, MD-resistant line 63 and -susceptible line 72, are ideal models to study the mechanisms of viral-related tumor resistance in chickens. MATERIALS ANDMETHODS Lines 63 and 72 have been developed and maintained since 1939 in Avian Disease and Oncology Laboratory. Spleen tissues of four chickens for each line were collected at ADOL at 5 days post infection (DPI), 10 DPI and 21 DPI. MDV uninfected chickens at each time point were served as control. We analyzed DNA methylation variations and DNA mutations of methyltransferase gene DNMTs as well as genome-wide transcriptional expressions in the spleen tissue of the two lines by bisulfite pyrosequencing technique and microarray assays (Agilent 4x44K chicken microarray). Data adjustment and statistically significant expressed genes was performed using Limma package. RESULTS With the criterion.D\^`bj����� 6 @ D H J L N � � � � � � � � � �    ���������������������������ʽ���}m}m}h�L�hv5�CJKH\�aJ"h�L�hv5�CJKHQJ\�aJhv5�CJKHQJ\�aJo(,hvhvB*CJOJQJ^JaJo(ph hV�hvhvCJOJ^JaJo(hV�hvKHaJhV�hvKHQJaJhV�hv5�KH\�aJhV�hv5�KHQJ\�aJ%^�J � � � � � R � � � � ���������������$��7$8$H$WD�`��a$gdv $7$8$H$a$gdv $7$8$H$a$gdv$����dh��G$H$WD�]�^�`��a$gdv$����dh��G$H$WD�]�^�`��a$gdv$dh7$8$H$a$gdv0A� & , 4 6 < > F H N P R X z � � � � � � � � � "  ( R Z ` f � � � � � � �����������ź�������~k�^��������~k��h�L�hvCJKHaJ%h�2whv5�KHOJPJ\�aJo()h�2whv5�KHOJPJQJ\�aJo(#hv5�KHOJPJQJ\�aJo(hvKHaJh�2whvKHQJaJh�2whvKHaJh�2whv5�KH\�aJh�L�hv5�H*KH\�aJh�2whv5�KHQJ\�aJh�L�hv5�KH\�aJ$� � $*����  ���(d~��������������������� $7$8$H$a$gdv $7$8$G$H$a$gdv$��7$8$H$WD�`��a$gdv $7$8$H$a$gdv� � � � � � � �      $ , 2 X ^ n v � � � � � � � � � "$(*06RV^tz�������������(.6Bnv��������� &����������������������������������������������������������������������������%h�2whv5�KHOJPJ\�aJo()h�2whv5�KHOJPJQJ\�aJo(h�2whvKHaJh�2whvKHQJaJL&(,BPRblr���������� BDFL`lpv������������������,68:<tz����� *����������������������������������������������������������������������������������%h�2whv5�KHOJPJ\�aJo()h�2whv5�KHOJPJQJ\�aJo(h�2whvKHaJh�2whvKHQJaJL��������<>Z\pr��������������������Ƹ����y�k�y�k�k�y�`�y�y�U�`h�L�hvKHaJhvKHPJaJo(h�JhvH*KHPJaJh� �hvH*KHPJaJh�L�hvKHPJaJ"hvzhv5�CJKHPJ\�aJ"hvzhv5�CJKHPJ\�aJhv5�KHPJ\�aJo(hvCJKHPJaJo()h�L�hv5�KHOJPJQJ\�aJo(h�2whvKHQJaJh�2whvKHaJ!�&(`bd~��)*+,���gh��IJ��'(���2�2�2�3�3~4�4h5j5H6J6072788�8�8�8�8�9�9�:�: ; ;;P;(<*<==�=�=�>����������������������������������������������������������h�L�hv6�KHPJ]�aJUh�L�hvKHPJaJh�L�hv5�KHPJ\�aJh�I�hvKHPJaJh�L�hvKHaJhvKHPJaJo(h�L�hvKHPJaJ?~���;P;�>&?D?.A0A����������� $7$8$H$a$gdv��7$8$H$WD�`��gdv of log FC (fold change) >1.5 and of P value < 0.01, more than 1000 significantly differentially expressed genes were identified between MDV-infected line 63 and 72 birds at 21 DPI. Most of them are transcripts of immune-response related genes. With pathway analysis software, we found that the process of antimicrobial response was responsible for MD resistance in line 63, while the processes of immune response, cancer and cell death contributed to the MD development in line 72. 760 significantly differentially expressed transcripts were found between the MDV non-infected line 63 and 72 at 21 DPI. The result indicated that there were distinct differences of genetic resistance to MD between two lines. Moreover, we disclosed significantly increased DNA methylation levels on the first exon of DNMT3a in MDV infected line 63 and 72 compared to the uninfected chickens (P<0.05), which were negatively correlated with the mRNA expression levels of DNMT3a in both lines. It is noting that two CG to TG mutations on the first exon of DNMT3b were discovered in line 72 compared to line 63, which may contribute to the down-regulation of DNMT3b in line 72 (P<0.05). DISCUSSION AND CONCLUSION We provide systematic experimental evidence that the exposure of MDV markedly increased the genes expression of immune-response, cancer and cell death in MD-susceptible line 72, while antimicrobial response genes were obviously enhanced in MD-resistant line 63. In addition, the lower expression of DNMT3a and DNMT3b may down-regulate the methylation status of key genes in line 72 then up-regulate the expression level of the genes. KEY WORDS�chicken, Marek s disease �immune response genes ACKNOWLEDGMENT The abstract was accepted by international conference of Epigenetics, Development and Human Disease on January 5-10, 2009 in Colorado, USA. The work was supported by the National  948 project (2006-G48) of China and USDA-NRI 2008-00870 of USA. �>�>�>�>�>�>�>&?D?@@�@�@�@�@�@�@,A.A0A��������»°°»���h� � hvo( h�L�hvh�L�hvKHPJ hvKHo(h�L�hvKHh�L�hvKHPJaJh�L�hvKHPJaJh�L�hvKHaJh�L�hv5�KHPJ\�aJ01�82P��. ��A!�"�#��$��%��S�� ����J`��J vck�e $1$a$ CJKH_HaJmH nHsH tH$A@���$ ؞���k=�W[SOBi@���B nf�h�X CRGJ�0���0���0���0���0���0���������0���0���0���0���0���0������0������0������0������0���0���0���@0���@0���@0���@0���@0���@0���@0���@0���@0���@0���@0���@0���@0���@0���@0���@0���@0���@0���@0���@0���@0���@����00 CRGJZ�00�ʑ00��Aȑ0ȑ000 � &���>0A!� ~0A0A��~�o��X�o4�X��o��X��o��X��o��X��o4�X��ot�X��o��X��o4�X��o��X��o��X��ot�X��o��X��o4�X��ot�X��o��X��o��X��o4�X��ot�X��o��X��o��X��o4�X9C��������9 �l�����!BBJ     @J��������@ �n����� &EEJ <*�urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags�chmetcnv�9*�urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags�place�B *�urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags�country-region�=*�urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags �PlaceName�=*�urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags �PlaceType�9*�urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags�State�8*�urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags�City�>*�urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags �PostalCode� �v� �0�1�10�1939�2009�21�29.7�3�948�a�cm�False�HasSpace�in�Negative �NumberType�pt �SourceValue�TCSC�True�UnitName                           ".25ijn����������#$',=CDFU^`alr��)-03CDIJ[]ikmpux����������������������)+/:=BCGJOPSW[berx������������������� !()169IQUY`hlnps����������������������JOW^cdef�������������FIbciqwx}~���!'03;AU\el��   " $ + 3 > _ p v { � � � � � � ��������$,-��J ./jk��������()\^`aCDIJ����bc}~�s_f�� BJ3��GJJ�j>v� �GJa2�@� T���� p � HPPPPPPPP4@P2��Unknown������������G��:�Ax� �Times New Roman5��Symbol3&� �:�Cx� �Arial;���(�[SOSimSun;5�� ���|�8ўSOSimHeiE�� SimSun,BoldўSOS��TimesNewRoman,BoldўSOI��TimesNewRomanўSO q��h������B $B $!-!),.:;?]}����    & 6"0000 0 0 00000��� � �����=�@�\�]�^���([{�  0 0 00000��;�[����������2>>2�qHX)��?����������������������v2�� D��N����eXd��'   !"����$%&'()*����,-./0123456789:����<=>?@AB����DEFGHIJ��������M������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������Root Entry�������� �F�R�b�&�O�Data ������������#1Table����+�WordDocument����2DSummaryInformation(������������;DocumentSummaryInformation8��������CCompObj������������m������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������ ���� �FMicrosoft Office Word �ĵ� MSWordDocWord.Document.8�9�q