根据《国务院办公厅关于印发农业部职能配置内设机构和人员编制规定的通知》（国办发〔1998〕88号）精神和《农业部关于调整部属畜牧兽医单位机构编制的决定》（农人发〔2006〕3号），农业部于2006年4月5日批复了中国动物疫病预防控制中心主要职责、内设机构和人员编制。
中国动物疫病预防控制中心的主要职责是：协助兽医行政主管部门拟定有关法律、法规和政策建议；协助开展重大动物卫生违法案件的调查。研究提出重大动物疫病（包括人畜共患病）预防控制规划、扑灭计划、应急预案建议，指导、监督重大动物疫病预防、控制和扑灭工作，指导人畜共患病防治工作。研究提出动物疫病防治技术规范建议，经批准后组织实施。负责全国动物疫情收集、汇总、分析及重大动物疫情预报预警工作；指导全国动物疫情监测体系建设；组织实施动物疫病监测工作，指导国家级动物疫情测报站和边境动物疫情监测站的业务工作。负责国家动物防疫网络信息系统、网络溯源及应急指挥平台的建立及管理。承担全国动物卫生监督的业务指导工作，组织实施动物及动物产品检疫。承担全国高致病性动物病原微生物实验室资格认定及相关活动的技术、条件审核等有关工作。承担全国动物病原微生物实验室生物安全监督检查工作；协调各级诊断实验室的疫情诊断工作。承担动物及动物源性产品质量安全检测及其有关标准、标物研制工作；承担动物标识管理、动物和动物产品溯源工作。承担动物诊疗机构和执业兽医的相关工作；承担兽医执法人员的培训工作。负责兽医行业职业技能鉴定工作。组织开展动物防疫技术研究、国际交流与合作等。
中国动物疫病预防控制中心业务归口兽医局管理，机构规格为正局级。财政补助事业编制136名。局级领导职数5名。下设防控应急处、兽医公共卫生处、疫情监测处、动物卫生监督指导处、实验室生物安全管理处、动物产品安全检测室、兽医诊断室等12个业务处室和管理部门。
日前，中国动物疫病预防控制中心召开了第一次职工大会。根据首批进入疫控中心人员的情况，调配了各部门工作人员，部署了工作。
