中国畜牧兽医学会于1936年7月在南京成立，当时由畜牧兽医界著名学者刘行骥、蔡无忌、程绍迥、罗清生、王兆麟、沈九成、陈瞬耘等 9 人组成第一届理事会、推选蔡无忌为会长。1937年夏，日本帝国主义侵华战火延及华东，学会工作处于停顿状。1942年，部分畜牧兽医界人士在成都重新组织活动，选举产生了第二届理事会，推选陈之长为理事长。
新中国成立后，在北京的畜牧兽医界人士熊大仕教授等于1950年发起恢复学会活动，1955年1月在北京召开第三次全国会员代表大会，选举产生第三届理事会，陈凌风当选为理事长，学会作为中国科协的组成部分，归口农业部管理。1959年1月在哈尔滨召开第四次代表大会，选举产生了第四届理事会，陈凌风再次担任理事长。1963年9月，在乌鲁木齐召开第五次代表大会，选举产生了第五届理事会，程绍迥当选为理事长。
1966年"文化大革命"开始，学会经历"十年浩劫"的动荡岁月，活动停止。
1978年，中国畜牧兽医学会喜乘改革开放的东风，随即在太原召开了第六次全国代表大会，选举产生第六届理事会，程绍迥再次当选为理事长。1982年10月，在贵阳召开第七次全国代表大会，选举产生第七届理事会，陈凌风当选为理事长。1985年3月5日，经国家体改委批准，中国畜牧兽医学会再次被确认为全国学会。1986年11月在成都召开第八次全国会员代表大会，选举产生了第八届理事会，陈凌风继续当选为理事长。1991年11月在上海召开第2次全国会员代表大会，选举产生了第九届理事会，陈耀春当选为理事长。1996年10月在南京召开学会成立六十周年暨第十次全国会员代表大会，选举产生了第十届理事会，陈耀春再次当选为理事长。2001年12月在北京召开第十一次全国会员代表大会，选举产生了第十一届理事会，吴常信当选为理事长。2006年10月在北京召开第十二次全国会员代表大会，选举产生了第十二届理事会，陈焕春当选为理事长。2011年10月在四川成都召开第十三次全国会员代表大会，选举产生了第十三届理事会，陈焕春再次当选为理事长。2016年11月在浙江绍兴召开第十四届全国会员代表大会，选举产生了第十四届理事会，黄路生当选为理事长。
