动物遗传育种学分会于1983年1月30日在广西南宁市宣布成立，原名为动物数量遗传学研究会，1993年根据中国畜牧兽医学会的要求，更名为中国畜牧兽医学会动物数量遗传学分会，后又更名为动物遗传育种学分会。

第一届理事会（1983-1987年）理事长我国动物遗传育种学科奠基人吴忠贤教授，副理事长东北农业大学盛志廉教授、北京农业大学吴常信教授、北京奶牛研究所张斌研究员、浙江农业大学继初教授，秘书长张斌研究员（兼）。第八届理事会（2012-2016）理事长中国农业大学张勤教授，副理事长中山大学陈瑶生教授、中国农业科学院北京畜牧兽医研究所杜立新研究员、浙江大学傅衍教授、中国农业科学院北京畜牧兽医研究所李奎研究员、四川农业大学李学伟教授、中国农业大学杨宁教授、东北农业大学李辉教授、江西农业大学黄路生院士、内蒙古农业大学李金泉，秘书长中国农业大学张胜利教授，副秘书长中国农业大学孙东晓教授，现有理事131名，秘书处设在中国农业大学动物科技学院。

分会是由中国畜牧兽医科学技术工作者自愿组成的学术性、科普性、非营利性的社会团体，是党和政府联系畜牧兽医科技工作者的桥梁和纽带，是发展我国畜牧兽医事业的重要社会力量。

分会在中国畜牧兽医学会的直接领导下，在挂靠单位中国农业大学的支持下，在广大理事和全体会员的共同配合和努力下，充分发挥桥梁纽带作用，积极开展各项工作。每两年举办一次全国动物遗传育种学术讨论会，是我国动物遗传育种学科领域水平最高、规模最大的学术会议，汇集国内外从事动物遗传育种教学、科研和生产的专家、学者及技术人员，展示国内外数量遗传学、群体遗传学、分子遗传学、基因组学、动物遗传改良、动物遗传进化、遗传资源的保护和利用、生物信息与系统生物学、动物基因组编辑等新技术及其在动物遗传育种中的应用等最前沿的研究进展和成果，为全国动物遗传育种领域的专家学者和科研人员提供了广泛的内外交流平台，以推动我国动物遗传育种事业的发展。近几年参会人数屡创新高，2017年10月13-16日举办的"第18次全国动物遗传育种学术讨论会"共计1900余名专家学者、在校研究生和科技推广人员参会。