1984年在上海华山饭店，当时我国高等农业院校兽医药理学教师代表冯淇辉、戎耀方、周正、梁兆年、朱模忠、李涛等发起成立中国畜牧兽医学会兽医药理与毒理学分会筹备大会，并举行了第一次学术讨论会。

    1986年在山东青岛动植物检疫所正式成立中国畜牧兽医学会兽医药理与毒理学分会，并举行了第二次学术讨论会，当时中国畜牧兽医学会理事长陈凌风先生到会指导，大会选举产生了第一届理事会，推选我国畜牧兽医界著名学者冯淇辉教授为第一届理事长。

    1988年在陕西西安第四军医大学、1991年在四川成都西南民族学院、1994年在广州华南农业大学、1997年在长春解放军兽医大学分别召开第二、三、四、五届全国会员代表大会和全国学术讨论会，并成立以冯淇辉教授为理事长的第二、三、四、五届理事会。 2000年8月在北京中国农业大学、2003年8月在南京农业大学 ，分别召开第六、七届全国会员代表大会和全国学术讨论会，并选举产生了以陈杖榴教授为理事长、曾振灵教授为秘书长的第六、七届理事会。2006年8月在安徽农业大学、2009年8月在华中农业大学分别召开第八、九届全国会员代表大会和全国学术讨论会，并选举产生了以曾振灵教授为理事长、刘雅红教授为秘书长的第八、九届理事会。2011年在云南农业大学召开第十届全国会员代表大会和全国学术讨论会，并选举产生了以沈建忠教授为理事长、肖希龙教授为秘书长的第十届理事会。2015年10月在湖南长沙召开第十一届全国会员代表大会和全国学术讨论会，并选举产生了以袁宗辉教授为理事长、邱银生教授为秘书长的第十一届理事会。2019年10月在甘肃兰州召开第十二届全国会员代表大会和全国学术讨论会，并选举产生了以邓旭明教授为理事长、孙志良教授为副理事长兼秘书长的第十二届理事会。本分会目前有会员1000多人，其中高级职称240多人。

    学会自成立伊始至2011年，一直挂靠在华南农业大学，成立到现在已历经二十七年的历史，在冯淇辉教授的带领下，积极倡导全国兽医药理学科团结协作、共同发展，"六五"、"七五"期间，在冯教授的领导下，国内5所农业院校联合开展药物动力学研究，为我国兽医药物动力学研究奠定了基础。先后举办全国兽医药理学、药物动力学师资培训班2期，为全国高等农业院校和科研院所的兽医药理学科培养了80多名教师和研究人员。同时积极开展学术活动，并多次组织参加欧洲兽医药理毒理学会议和对外学术交流，在推动和促进我国兽医药理学科科技进步和迅速发展，发挥了重要作用。

    2015年10月，副理事长兼秘书长肖希龙教授主持了学会换届选举大会，选举产生了兽医药理毒理学分会第十届理事会。新一届理事会由149名理事组成，其中常务理事66人。袁宗辉教授任理事长，陈杖榴教授、沈建忠教授、曾振灵教授任名誉理事长，邓旭明教授、胡功政教授、江善祥教授、刘雅红教授、卜仕金教授、孙志良教授、薛飞群教授、徐士新研究员、肖希龙教授、张继瑜教授、张秀英教授任副理事长，邱银生教授任秘书长，吴聪明教授、李剑勇教授、蒋红霞教授、黄玲利副教授、郝智慧教授任副秘书长。大会还选举天津瑞普生物技术股份有限公司和广东大华农动物保健品股份有限公司为企业副理事长单位，北京维德维康生物技术有限公司等21家单位为常务理事单位，广东海纳川生物科技有限公司等4家单位为理事单位。