中国畜牧兽医学会动物检疫学分会成立于1990年，原挂靠原农业部动植物检疫总所，现挂靠在中国检验检疫科学研究院，秘书处设在中国检验检疫科学研究院动物检验与检疫研究所。

      动物检疫学分会是从事动物检疫工作的学术性群众团体，其主要职责：宣传、贯彻国家颁布的动物检疫法规、法令和有关规章制度；组织和开展各种形式的学交流术和咨询活动，举办动物检疫技术培训班和讲座，向国家有关主管部门提供动物检疫相关资料，为国家献计、献策，编辑出版动物检疫学术刊物，编印有关动物检疫学术资料等。

      自分会成立以来，动物检疫学分会积极组织学术交流会,多次召开全体代表大会和学术交流会，并编辑出版了学术交流论文集。2006年6月，动物检疫学分会在北京举办了以"禽流感防控及动物疫病新型、快速检测技术"为主题的学术年会，并编辑出版了《中国畜牧兽医学会动物检疫学分会2005－2006年度学术论文集，评出了优秀论文。在学术交流活动上，重点展示了近年来动物检疫领域上检疫技术和管理方面的丰硕成果，不仅有技术水平领先的科研成果，也有针对检验检疫口岸实际问题提出的一些思考和建议，很多同志愿意把多年来自己在检疫工作中的经验与大家分享，目的是更好的完成检疫把关的神圣使命。   

        第一届理事会由原农业部动植物检疫总所所长刘士珍同志担任理事长，理事会共有53名理事组成，崔砚林同志任秘书长。

       2022年9月22日，中国畜牧兽医学会动物检疫学分会第七次全国会员代表大会 顺利召开，大会选举产生了中国畜牧兽医学会动物检疫学分会第七届理事会理事30名。随后召开的第七届理事会第一次全体理事会上，经中国畜牧兽医学会批准同意，选举产生了理事长1名、副理事长5名、秘书长1名。经新任理事长提议，并经全体参会代表表决通过，聘任秦贞奎研究员为名誉理事长。