动物微生态学分会系中国畜牧兽医学会领导下的一个学术性、科普性、非营利性、全国性的群众学术团体。

20世纪70年代末期，随着我国改革开放进程，我国农村产业结构发生了很大变化，大型畜禽场、养殖专业户、专业村大批出现，与此同时，我国饲料工业也得到快速发展，从而促进我国畜牧业得到蓬勃发展。随着畜禽产品生产的发展，抗菌药物如抗生素的大量使用和滥用，病原菌出现耐药性增多的现象发生。四川农业大学何明清教授等针对畜禽服用抗生素导致二重感染和耐药增多、副作用明显的弊端，用筛选出的无病原性大肠杆菌SY-30菌株，制成活菌制剂预防仔猪黄痢收到良好效果。同一时期，江苏省农业科学院方定一教授研制的大肠杆菌NY-10菌株制剂预防仔猪黄痢也收到良好效果。他们相继发表了"对仔猪不同日龄不同肠段正常菌群与仔猪黄白痢病原菌关系的研究"，提出了仔猪细菌性下痢的原因主要为肠内菌群比例失调的新观点，这是我国动物微生态学实验理论研究最早的成果。1981年，由中华预防医学会在大连召开第一届全国微生态学学术讨论会，当时兽医方面有5个单位的代表参加。这以后参加动物微生态研究的单位越来越多，发表了大量有关动物微生态学研究和应用的文章，或在各次全国微生态学术讨论会上交流。1988年，国家自然科学基金委员会即开始在动物微生态学方面批准立项，1990年后，四川农业大学（即原四川农学院）承担国家科委下达的国家"八五"攻关专题――动物微生物饲料添加剂研究，国家教委火炬计划――动物微生态制剂调痢生中试研究等项目。这些研究既涉及动物微生态基础理论研究，也有大量的应用研究，其间总结、交流、发表的研究报告和论文有数十篇。1990年11月，在四川农业大学召开中国微生物学会人兽共患病专业委员会代表会议期间，成立动物微生态学组。1991年9月，在佳木斯全国微生态学术会和西安全国家畜传染病学术会议期间，畜牧兽医组、生物技术组等方面的代表何明清、甘孟侯、杜念兴等专家、教授67人联名建议在中国畜牧兽医学会内成立全国动物微生态学分会。1992年7月15日，中国畜牧兽医学会常务理事会批准了这项建议，同年11月2日，由四川农业大学筹办，在四川省雅安市隆重举行了中国畜牧兽医学会动物微生态学分会成立大会，会议代表120余人，会议上一致推选何明清教授为第一届理事长，选出了理事和常务理事，分会挂靠单位四川农业大学，并进行了第一次全国动物微生态学术讨论会，大会提交的论文涉及多种动物的微生态学研究，论文数量达150篇以上。

分会办会的宗旨是：认真执行党的方针、政策，贯彻"百花齐放，百家争鸣"方针，坚持民主办会，充分发扬学术民主，开展学术讨论；提倡辨证唯物主义和历史唯物主义，坚持实事求是、开拓创新、与时俱进的科学精神、科学态度和优良作风；弘扬尊重知识，尊重人才，积极倡导"献身、创新、求实、协作"的精神；高举爱国主义旗帜，维护民族团结，促进祖国统一。

分会办会的主要任务是：开展国内外学术交流，提高动物微生态学的科学研究水平，促进动物微生态学学科和中国畜牧兽医事业、绿色生态养殖和食品安全进一步发展；弘扬科学精神，普及科学技术知识，传播科学思想和科学方法，推广先进技术；编辑、出版、发行科技书籍报刊及相关音像制品；反映会员和科技工作者的意见和要求，维护其合法权益；举荐人才，表彰、奖励在科技活动中取得优秀成绩的会员和科技工作者。